鎮(zhèn)寧檔案館成立于1959年4月20日，建館初期，在縣委、縣人民政府的大力領導下，在各部門的大力支持下，根據(jù)國家統(tǒng)一管理檔案的原則，接收了部分檔案進館，為開展檔案工作奠定了基礎。

1966年5月，“文化大革命”開始，全縣檔案工作被迫中斷，檔案工作機構被撤銷，人員被調(diào)離，業(yè)務工作被停頓。十年“文化大革命”結束后，1977年鎮(zhèn)寧自治縣檔案館又恢復建立，全縣檔案工作又回到了正軌。

1982年7月22日，根據(jù)上級有關文件精神，成立了鎮(zhèn)寧自治縣檔案局，與檔案館合署辦公，實行一套人員兩塊牌子體制，是全縣政治、經(jīng)濟、文化和科學、歷史研究等社會活動利用檔案的基地。檔案館于一九八八年破土動工，一九九一年十二月十七日建成正式投入使用，占地2.32畝，總建筑面積1300平方米。